Comencemos por el principio. Por el personaje que da nombre al inmueble, a este oratorio levantado para compensar tantos pecados... El llamado Caballero de Gracia, en realidad respondía al itálico nombre de Jacobo de Grattis, nacido en Módena allá por el 1517, aunque fallecido en la Villa y Corte en 1619. Más conocido, como apuntamos, como el Caballero de Gracia o Jacobo de Gracia, fue un «caballero» modenés que se trasladó a España como secretario del nuncio apostólico de Gregorio XIII, y se estableció luego en el Madrid de Felipe II. Reconvertido en algo así como un especulador inmobiliario, adquirió y explotó varias fincas en las inmediaciones de la calle del Clavel, creando una vía que luego tomó su nombre, y en la que se conserva, reformado, el oratorio donde fue enterrado a espaldas de la Gran Vía. Un hombre que, por azares del destino sobrevivió a esa misma especulación inmobiliaria que, siglos más tarde, levantó la principal calle de la capital durante años: la Gran Vía. Un hombre, por lo demás, acusado en aquellos tiempos de libertino.

Aunque el oratorio original fue construido en 1654, su estado era ruinoso a mediados del siglo XVIII, por lo que se hizo necesaria su rehabilitación. Ahí entró en escena el arquitecto Juan de Villanueva, que presentó dos plantas en el año 1782: una, ampliando lo existente como se le pedía, «recomponiendo toda la nave con la formación de unas pilastras y capillas, a fin de unirla al carácter de la nueva capilla mayor o crucero que propongo hacer». Y la otra, de forma basilical, proponía un nuevo templo «que haría en obra mejor efecto, con más variedad y novedad a causa de no hallarse en esta Corte alguna otra de tal idea». Esta segunda propuesta fue la elegida, completando Villanueva el proyecto con los alzados interiores en junio de aquel mismo año.

Villanueva, hombre muy atareado, recibió este encargo de Carlos III en el momento culmen de su carrera. Un genio en una época de genios, se había formado en la Real Academia de Bellas Artes de San Fernando, donde su hermano impartía clase y en la que obtuvo los primeros premios de alumno destacado. Logró ir a Roma tras ser beneficiario de las primeras «Pensiones de Roma» y esa estancia fue decisiva en su preparación, formación e ideario arquitectónico.

Con todo, la iglesia quedó «encajonada» en un tramo de la Gran Vía que deslucía su importancia. El paso del tiempo tampoco le hizo favor.

Así las cosas, entre 1975 y 1979 Fernando Chueca Goitia, ante el deterioro del templo, proyecta y realiza la restauración del interior del Oratorio.

Con todo, no sería hasta entre 1989 y 1993 que Javier Feduchi proyecta y realiza la remodelación de la fachada de Gran Vía con un importante presupuesto para la época: más de sesenta y cuatro millones de pesetas.

Más recientemente, entre 2002 y 2003 Antonio Sánchez Barriga y José Sancho Roda, del Instituto del Patrimonio Histórico Español del Ministerio de Cultura, restauran las pinturas de la cúpula y la vidriera de la Última Cena, de la relevante casa Maumejean, que se vuelve a poner en el presbiterio.

El edificio forma parte del paisaje urbano de la capital, aunque cuando se levantó se ubicaba en las afueras de la ciudad, estando limitado por la parte este y oeste por medianías de edificios de viviendas, y por la parte norte con la calle San Miguel, hoy desaparecida. El lugar, aunque actualmente es muy céntrico, no es de relevancia, por las calles estrechas en que se ubica; y el edificio, aunque muy bello, aparece como encajonado entre otras construcciones, además de no ofrecer la visibilidad desde el exterior como para dar relevancia por sí mismo a la zona.La basílica se construyó, pues, en un espacio estrecho y alargado. Esto condicionó la obra desde el principio, pero el arquitecto supo resolver este problema creando un espacio diáfano y monumental.