Después de que se haya demostrado que, efectivamente, en las instalaciones del antiguo Hospital de la Misericordia de Utrera hubo una sinagoga que dataría de los siglos XIV-XV, se ha puesto la lupa en los otros complejos sinagogales que hay en España. Anteriores al proceso de expulsión de los judíos quedan seis contando con este último descubrimiento: la sinagoga del Corpus Christi de Segovia; la de Santa María la Blanca y la del Tránsito, ambas en Toledo, la de Córdoba; y la Sinagoga del Agua en Úbeda.

Andalucía se convierte así en la comunidad española con más sinagogas, después de que se certificase recientemente la autenticidad de la de Utrera. La de Córdoba es, sin duda, la más importante y se considera una joya, no por su tamaño, si no por sus paredes. Al igual que ha pasado con la sinagoga de Utrera, la de Córdoba pudo sobrevivir gracias a que se le dio diferentes usos, lo que evitó su demolición. Una de las características del templo es la calidad y la cantidad de sus inscripciones: la mayoría son citas de las Sagradas Escrituras, pero también los artesanos incluyeron algunos versos del Cantar de los Cantares.

La Sinagoga del Agua, en Úbeda (Jaén) fue descubierta recientemente, en 2007, aunque algunos expertos consideran que no hay estudios suficientes que permitan calificarla como tal. El hallazgo se produjo cuando un promotor inmobiliario compró tres casas en el centro histórico de la ciudad para hacer apartamentos turísticos y al hace robras, se hallaron restos de antiguos arcos, estancias tapiadas y accesos a un sótano donde se encontró una pileta excavada en la roca a la que se accede por siete escalones. Esta pequeña piscina, que se llena sola de agua procedente de un manantial a través de la roca porosa, está orientada de tal manera que durante el solsticio de verano, la luz que entra desde una abertura en el muro exterior de la casa, baja por los escalones hasta iluminar el agua. Este elemento se ha identificado como un mikvé, o baño donde los judíos realizan sus rituales de purificación. En los trabajos de recuperación, las diferentes viviendas dieron paso a una gran sala dividida por arcos y a lo que parece una galería de mujeres a diferente altura.

Pero varios expertos reclamaron más investigación antes de denominar a este espacio una sinagoga. En una mesa redonda organizada por la Asociación en Defensa de Úbeda Patrimonio de la Humanidad, varios expertos hablaron del asunto.

Vicente Barba Colmenero, arqueólogo profesional, con intervenciones en Marroquíes Bajos en Jaén, el Palacio de los Orozco en Úbeda, y un largo currículum profesional en actividades arqueológicas y publicaciones, manifestó que para que el patrimonio sea auténtico debe ser suficientemente estudiado con un protocolo científico. "Es un proceso largo, de investigación, protocolos y normas en la arqueología, leyes, reglamentos, fuentes bibliográficas y Cartas Arqueológicas como las de Úbeda". En relación con la referida Sinagoga del Agua, criticó que "las excavaciones arqueológicas no se hacen a posteriori. Hay que hacer un proceso de investigación previo, de documentación, de exposición pública y con mucho contraste académico. Debe hacerse el procedimiento adecuado y no empezar la casa por el tejado, sin ello no se puede decir que es una sinagoga".

Rafael Cámara Expósito, fundador y presidente de IUVENTA y de Tarbut Sefarad Jaén, además de activo participante en el ámbito de la cultura hebrea en España, manifestó no disponer de la base documental mínima de la Sinagoga del Agua que le permita pronunciarse sobre ella. Sí expresó la importancia de tener en cuenta una buena serie de indicios a la hora de poder identificar elementos de catalogación de una sinagoga, como se está haciendo en la Judería de Jaén. Indicios como la tradición oral, situación en la judería o a proximidad, la orientación del edificio, el tipo de entradas, etc.