Fueron numerosos los españoles licenciados en carreras universitarias que participaron en la obra de América, ejerciendo en importantes realizaciones culturales y educativas durante las décadas de acción en las etapas históricas conocidas bajo el título de «Conquista». Fueron universitarios que llevaron a cabo acciones y hechos de gran importancia, distinguiéndose por su recto juicio y su gran instrucción preparatoria en el ejercicio de sus saberes en pos de la nueva sociedad hispano-americana.

Entre todos ellos destaca Juan Polo de Ondegardo, natural de Valladolid, según unos, o de Salamanca, según otros. Afirma Garcilaso de la Vega en sus «Comentarios Reales» que vio en la casa de Ondegardo las momias de los Incas. Era Corregidor del Cuzco cuando él salió de aquella ciudad para viajar a España. Se ha discutido este dualismo respecto a la ciudad de Castilla Vieja donde nació. Se sabe con certeza que se encontraba en el Perú agitado por los antagonismos entre «pizarristas» y «almagristas». Y ya gozando de una fama limpia de letrado jurista al actuar en la prisión del Virrey por orden de letrados, cuando Gonzalo Pizarro y sus seguidores, buscando una justificación a su rebeldía, reunieron a todos los letrados y licenciados en Lima, que Francisco Pizarro bautizó como Ciudad de los Reyes.

A finales de 1533 parece ya definitivamente consolidada la conquista del Perú y establecida la gobernación: han sido vencidos dos de los tres generales de Atahualpa; los colonizadores del imperio incaico han huido a sus aldeas, los «yanaconas» consideran que ha llegado el momento de su liberación, integrándose de un modo natural en la órbita española; Francisco Pizarro ha nombrado un Inca; todo parece pensar en una consolidación española en el gran imperio andino del Perú. Hay una idea persistente: la expansión. Hacia el norte tiene como agente a Sebastián de Benalcázar, enviado por Francisco Pizarro como teniente de gobernador a San Miguel de Piura. En 1533 ya estaba en su puesto y sin recabar la oportuna autorización de Pizarro inicia una expansión al norte. Se ignoran las razones que le mueven, quizá que el propio Francisco Pizarro inicia una expansión hacia el sur, hacia Jauja, por haber recibido noticias de que el gobernador de Guatemala, Pedro de Alvarado, preparaba una expedición desde Guatemala, guiado por el piloto del Pacífico, Juan Fernández. En este movimiento de expedición, Francisco Pizarro decide nombrar tres tenientes de gobernador: Pedro de Puelles, Gonzalo Díaz de Pineda y Lorenzo de Aldana, y más adelante, gobernador efectivo de aquellos territorios a su hermano Gonzalo Pizarro (1539) en base a la Real Cédula (1536) en que el emperador Carlos V le autorizaba a nombrar sucesor. En 1540 el Cabildo de Quito recibió a Gonzalo Pizarro como gobernador. Grave precedente que se puso de manifiesto al ser creada la Audiencia de Quito. Casi inmediatamente de tomar posesión de su cargo, Gonzalo Pizarro comenzó a preparar la famosa expedición a la canela que seguramente tenía como simultáneo objetivo El Dorado. Fue una expedición de importancia. A la expedición se unirá, a cuarenta leguas de Quito, Francisco de Orellana, que realizará con los suyos la primera navegación del Amazonas hacia el Este y desembocadura en el Atlántico.

Perú adquiere gran importancia por estos nuevos hechos y es constituido en Virreinato en 1542. Nuevas expediciones a las Charcas, de gran riqueza mineral, en Tucumán, en el Norte argentino, y es nombrado Jerónimo Luis de Cabrera gobernador de Tucumán, fundando la ciudad de Córdoba; buscando una salida al mar, llega al Río de la Plata. Nuevos nombramientos y movimientos expansionistas entre el Atlántico y el Pacífico. Así pues, la gobernación de Perú, con capital en la Ciudad de los Reyes que recibió el nombre de territorio capital de Lima, inserta su atención de jurista en una región americana que tanto en la conquista como en los primeros tiempos virreinales y las grandes expediciones utilizan el tremendo océano fluvial que era y es el Amazonas y el afán de expansión de los españoles, no es propiamente persona para participar en empeños de gran trascendencia.

Fue Polo de Ondegardo esencialmente un intelectual, un jurista, que participó en establecer un acuerdo sustancial entre españoles que discutían sobre sus derechos. El licenciado escribió para el Virrey Antonio de Mendoza un informe con abundantes noticias sobre religión y ritos de los indios del Perú, de contenido importante, y un segundo informe acerca del gobierno y sistema administrativo y económico del imperio incaico, que bautizó Ondegardo con el título de «Fundamentos acerca del notable daño que resulta de no guardar a los indios sus fueros», fechado el 26 de junio de 1581.