En la Guerra Civil, el estudio de la represión en el País Vasco ha sido poco estudiado al no tener la virulencia de otras regiones, como Cataluña o Aragón. Sin embargo, este hecho ha favorecido la imagen de que las provincias costeras (Vizcaya y Guipúzcoa) estuvieron sin sufrir ningún tipo de represión sanguinaria.

En Guipúzcoa la situación después de aplastar la rebelión de los cuárteles de Loyola, fue de un total descontrol a favor de los milicianos del Frente Popular, dueños de la situación. La represión se centrará en dirigentes y miembros de los diversos grupos de la derecha. En su mayor parte carlistas, dirigentes de la URG (monárquicos), DVA (CEDA), y del núcleo de estudiantes falangistas, pero también sospechosos veraneantes de la costa. Estos civiles serán los que alimenten los asesinatos revolucionarios en la provincia. En Fuenterrabía, serán detenidos 140 personas, siendo el fuerte Guadalupe, el tercero en importancia después de la cárcel de Ondarreta (230 detenidos) y el Kursaal (168). En Tolosa, la ciudad del interior, serán 81 personas las detenidas. Los asesinatos masivos serán cometidos principalmente en represalia por los bombardeos de los cruceros nacionales procedentes de El Ferrol. Entre los últimos asesinados en el fuerte de Guadalupe de Fuenterrabía, serán fusilados el 4 de septiembre: Honorio Maura (redactor de ABC), Joaquín Beunza (exdiputado carlista), Leopoldo Matos (ex ministro de trabajo), Félix Churruca (ten.cor. de miqueletes), el conde de Llobregat y Antonio Elósegui (dirigente carlista de Tolosa y dueño de la fábrica de boinas “Elósegui”).

Con respecto a Vizcaya, el 12 de agosto, se formó la Junta de Defensa de Vizcaya, con mayor participación nacionalista que en Guipúzcoa. Pero, en septiembre, las principales competencias pasaron al naciente Gobierno vasco, al ser aprobado el estatuto autonómico por las Cortes. El nacionalista José Antonio Aguirre fue proclamado lehendakari de un gobierno mixto de nacionalistas y republicanos de izquierda.

En Vizcaya, el orden público estuvo asegurado por la ausencia de rebelión. Sin embargo, los muertos por represión fueron en su mayor parte en unos pocos hechos que demostraron la incompetencia del consejero nacionalista de orden público, Telesforo de Monzón. Se calcula en 2.217 detenidos en la cárcel de Larrínaga, y las habilitadas como tales en Casa Galera y los conventos de Ángeles Custodios y Carmelo de Begoña. Por el gran número de presos, también fueron habilitados como prisión, los buques mercantes “Cabo Quilates”, “Altuna Mendi” y “Aránzazu Mendi”.

El 31 de agosto de 1936, Gregorio Balparda de las Herrerias, José Larrucea Lambarri, Javier y Carlos Larrucea Samaniego fueron de los primeros asesinados en el barco “Cabo Quilates”. En el caso de Gregorio Balparda, antiguo alcalde de Bilbao, dirigente del partido liberal progresista y famoso anticlerical, la razón de su asesinato fue el haberse negado a servir de fiscal en los tribunales revolucionarios que condenaban a los derechistas detenidos. Al poco fue detenido y enviado al barco-prisón, donde días después sería asesinado, colgado del cabo de una grúa y sumergido sucesivas veces en el agua hasta morir ahogado.

El 25 de septiembre de 1936, se produciría una de las mayores matanzas al ser asaltados los barcos prisión. En el “Cabo Quilates” se asesinó en la cubierta e incluso se disparó dentro de la bodega, pereciendo 41 presos. En el “Altuna Mendi”, los asesinados fueron 29 en esa ocasión. El 2 de octubre, marineros procedentes del acorazado “Jaime I”, subieron al “Cabo Quilates”, donde dieron rienda suelta a su instinto, matando a otros 38 presos.Sin embargo, la mayor matanza fue realizada el 4 de enero de 1937. Ese día Bilbao sufrío un bombardeo por parte de la Legión Condor, siendo derribado uno de los aviones. De la tripulación, el piloto Adolf Hermann fue materialmente descuartizado por la multitud. La misma que poco después se dirigió al asalto de las prisiones situadas en la ciudad. Durante dos horas, los presos estuvieron a la merced de los asaltantes, las fuerzas de la policía enviada por Telesforo de Monzón, no intervino hasta las 8 de la tarde. Había que evitar una confrontación entre la policía vasca (nacionalista) y la multitud (socialistas y anarquistas). El balance de víctimas ascendió a 224 asesinados, aunque el Gobierno vasco sólo llegó a reconocer oficialmente a 205.

Los muertos fueron: 109 fueron asesinados en los Ángeles Custodios, 53 en la Casa Galera, 56 en Larrínaga y 6 en el Carmelo. Según José Luis de la Granja, quien aportó los datos de un documento hallado en el Archivo de Salamanca (serie Político Social de Madrid, carpeta 175). Se trata del expediente incoado en relación con el asalto de los Ángeles Custodios. En él figuran los nombres y cargos de 48 procesados: 11 guardias del exterior de las prisiones (por abandono de servicio) y 37 milicianos de la 2ª compañía del batallón UGT-7 “Asturias” (por sedición, insubordinación militar, asesinato y robo). Cita también documentos encontrados posteriormente en el citado Archivo (Tribunal Popular de Euzkadi, carpeta 14) en que figuran otros 4 procesados: un funcionario de prisiones, un miliciano del UGT-3 “González Peña”, un miliciano del batallón de Izquierda Republicana “Capitán Casero” y el único encausado anarquista conocido, el capitán del batallón “Malatesta” Román Romaniega. En realidad, éste último era un pseudónimo, siendo su verdadero nombre José Manuel Martínez Novoa. Entre los asesinados se encontraron gran parte de los dirigentes de los partidos de derechas vascos, como Bernardo Elío y Elío, delegado del carlismo para el País Vasco; Juan Olazábal y Ramery, exdiputado a cortes y director del periódico “La Constancia” de San Sebastián; José Luis Zuazola, jefe del requeté de Vizcaya; Jose Antonio Careaga, de Renovación Española; Adolfo Careaga, exalcalde de Bilbao; Juan Ramón González Olaso, exjefe de la Unión Patriótica de Vizcaya; José María Juarista, exdiputado a cortes, y presidente de las juventudes carlistas de Vizcaya; Juan José Prado, exalcalde de San Sebastián; Francisco Javier y José María Arellano Dihinx, hermanos del diputado y dirigente carlista navarro Luis Arellano; Rafael Olazábal, jefe del requete de Bilbao; José María Lezama Leguizamón, delegado del carlismo en Vizcaya; Fernando Ibarra Revilla, marqués de Arriluce y fundador del periódico “El Pueblo Vasco”; Fernando Ibarra Oriol; Emilio Ibarra Zapata, entre otros muchos.

Con la ruptura del frente y la huída precipitada hacia Santander, el 16 de junio de 1937, en Las Arenas (Guecho) se fusiló a otro grupo de presos. Álvaro de Arana, José María Sintes, Rafael María de Zubiría, Pedro de Zubiría, Gabriel de Zubiría y su esposa Ana María de Garnica (embarazada de ocho meses). Un par de días después, en Bilbao, Felipe Abaitua. Por el perfil de los asesinados,muy pocos se encontraban en edad militar. Sin embargo, como se pudo comprobar, la mayoría eran dirigentes activos de los partidos de derechas, a los que se procuró exterminar, especialmente a los carlistas, el grupo de mayor implantación en la zona rural. En cuanto a la repetición de apellidos, algunas familias eran simbólicas de la imagen industrial de Vizcaya, como los Ibarra o los Zubiría. Otro grupo a exterminar fueron los profesionales vinculados con los grupos periodísticos: “La Gaceta del Norte” (Bilbao), “El Pueblo Vasco” (Bilbao) y “La Constancia” (San Sebastián) quienes fueron eliminados sin piedad. Con respecto al clero, aunque no lleguen a las cifras de otras regiones, perecen asesinados, 60 sacerdotes y religiosos, un número significativo para el poco tiempo en que duró la guerra en Vizcaya. Dos tercios de los sacerdotes y religiosos asesinados, lo fueron en los barcos prisión.